¡La situación es crítica! Cuando creían que la inactividad volcánica estaba afectando a toda la región de Hoenn, de repente comienzan los desastres. Hay ciudades que se inundan y otras que se vuelven desiertos. Los Líderes de Gimnasio tienen activada la alerta de emergencia para poder hacer frente a las labores de rescate y encontrar la causa del problema. Ruby y Sapphire se reencuentran, pero no se ponen de acuerdo. Sapphire está decidida a ayudar para que todo vuelva a la normalidad, pero Ruby está lleno de dudas e inseguridades. Entre tanta locura, los Pokémon Legendarios de la Antigüedad despiertan de su largo sueño...